Rekstrarferli hvarfkatils byrjar venjulega með því að hlaða hráefnin. Hvarfefni eru sett í ílátið í gegnum inntak, eftir það er inntakið lokað og hristingarkerfið virkjað. Hræringarkerfið notar snúningsblöð eða hverfla til að blanda hvarfefnunum jafnt-og kemur í veg fyrir svæði með of háan eða lágan styrk-og tryggir þannig að hvarfið gangi jafnt fram.
Næst er innra hitastigi stjórnað með hita- eða kælikerfi. Hitastýring er mikilvægur þáttur í hvarfferlinu, þar sem það hefur bein áhrif á hvarfhraða og gæði vörunnar. Til dæmis, sum viðbrögð krefjast hás hitastigs til að flýta fyrir ferlinu, á meðan önnur krefjast lágs hitastigs til að hindra hliðarviðbrögð. Hitunaraðferðir fela í sér rafmagns-, gufu- eða varmaolíuhitun, en kæling er venjulega náð með kælivatni í hringrás eða öðrum kælimiðlum.
Þrýstingur er annar mikilvægur breytu meðan á viðbrögðum stendur. Fyrir efnahvörf sem fela í sér eða mynda lofttegundir verður að viðhalda sérstökum þrýstingsskilyrðum. Viðbragðsketlar eru venjulega búnir þrýstiskynjara og öryggislokum til að tryggja að þrýstingurinn haldist innan öruggs marks. Hönnun þéttibúnaðarins skiptir sköpum til að viðhalda þrýstingi; Algengar þéttingaraðferðir eru vélræn innsigli og kirtilpökkun.
Þegar hvarfinu er lokið er afurðin losuð um úttak. Sumir hvarfkatlar eru einnig búnir hreinsikerfi til að fjarlægja leifar eftir hverja notkun og koma þannig í veg fyrir kross-mengun.
